A esta altura dos acontecimentos, a fama de Francisco e da vida evangélica que viviam já percorria as regiões. Dezenas de pessoas queriam abandonar tudo para segui-lo. Queriam até abandonar suas famílias: esposas, maridos, filhos…

São Francisco começou a se preocupar com isso. Não era possível que todos fossem irmãos ou irmãs, pois a nem todos era dada esta vocação específica. Por isso, precisava encontrar uma forma de vida adaptada para os leigos.

Foi então que pensou em aceitá-los na Ordem, para que vivessem o mesmo espírito evangélico de minoridade e pobreza, mas permanecendo em suas famílias, em suas casas, em seus trabalhos. Decidiu escrever-lhes uma forma de vida. Assim, esse "batalhão" de pessoas iria se reunir na Terceira Ordem ou Ordem dos Penitentes.

Começam, então, a surgir os primeiros seguidores e companheiros. Eram seus amigos de juventude; amigos das festas. Eles estavam cismados com a mudança radical que Francisco deu à sua vida. Agora só cuidava de leprosos, de pobres, dava tudo o que recebia e vivia nas grutas em oração. Não queria saber de dinheiro e nem da vida cômoda que sua família lhe oferecia. Assim, foram se aproximando de Francisco e passaram a viver como ele. Os primeiros companheiros foram: Bernardo de Quintavalle, Pedro Cattani, irmão Egídio, Filipe (Longo). Logo partem em missão para várias regiões da Itália, onde pregam o Evangelho a todos os que encontram pelos caminhos.

Daí por diante São Francisco passa a se vestir como eremita e começa a reformar com sua próprias mãos a igreja de São Damião, onde “ouviu” o Crucifixo falar. Este trabalho vai durar uns 2 anos: de 1206 a 1208. Restaurará também a igreja de São Pedro e a pequenina igreja de Santa Maria dos Anjos, conhecida como Porciúncula (pequena porção). Juntamente com tais reformas passa igualmente a cuidar dos leprosos. Trata suas feridas, alimenta-os, convive com eles… Francisco vê Cristo nos leprosos e nos pobres.